Депутата обвиняют в публичном призыве к нарушению территориальной целостности России. Поводом к этому послужили слова депутата о референдуме, сказанные им во время выступления на оппозиционном митинге в мае этого года. В словах депутата правоохранительные органы усмотрели намек на сепаратизм.

Делом Заваркина занимаются следователи управления Следкома по Карелии. Сам депутат себя виновным не считает, поскольку, по его мнению, слова о референдуме не могут считаться призывом, а были сказаны им сгоряча, да и референдум об отделении Карелии от России он проводить не собирался и не мог ни при каких условиях. Депутат готовится защищать себя в суде и даже отказался от услуг государственного защитника, наняв частного адвоката.