Счетная палата РФ проанализирована изменения в бюджетном процессе после введения консолидированных налоговых групп. Изменения законодательства позволили крупным предприятиям объединять активы находящиеся в различных регионах в одну налоговую группу. В результате этих изменений, по словам главы Карелии Александра Худилайнена Карелия недосчиталась 3 миллиардов рублей и 8 налогоплательщиков, кроме того, на одном из последних заседаний карельского правительства Александр Худилайнен сообщил об уходе из Карелии с 1 июля налогов ОАО «Петрозаводскмаш».
Специалисты счетной палаты подсчитали, что в результате введения налоговых групп поступления в бюджет увеличились в 62 регионах страны, при этом уменьшились налоговые доходы в 20 регионах, в 17 из них более чем на 1 млрд. руб. В счетной палате также признали, что налогоплательщики входящие в консолидированные группы в прошлом году заплатили в бюджеты регионов на 30% меньше, чем в 2012, однако, по словам специалистов, в долгосрочной перспективе нельзя говорить о снижении налоговых поступлений: «Без вхождения в КГН организации, получившие эти же убытки, уменьшили бы на них налоговую базу в последующие годы, то есть применили механизм переноса убытков на будущее» — сообщают в счетной палате.
Также, как отмечают в контрольном ведомстве, 2 года деятельности консолидированных налоговых групп — слишком малый отрезок времени, чтобы говорить о негативной или позитивном опыте нововведений, тем не менее, Счетная палата посчитала необходимым предложить Правительству инициировать рассмотрение вопроса о выделении 6 регионам России, в том числе Карелии целевой финансовой помощи в связи со значительными потерями доходов от налога на прибыль организаций и уровнем бюджетной обеспеченности ниже среднероссийского показателя.